 Schema Fuori Suolo
L'applicazione di tali sistemi, definiti "attivi" vista la loro diretta e non selettiva interazione sulla vitalità della microflora presente nelle soluzioni circolanti, pur garantendo buoni risultati, necessita di elevati investimenti e, soprattutto, può causare la forte limitazione se non la totale distruzione della microflora naturalmente residente nelle coltivazioni fuori suolo E' stato ampiamente dimostrato che la capacità di colonizzazione di alcuni organismi patogeni è maggiore in sistemi colturali ove la microflora residente è stata significativamente ridotta nella sua consistenza, talora sino a condizioni di quasi assoluta sterilità, provocando, quindi, fenomeni di ricolonizzazione sbilanciati. Al contrario, altre osservazioni, condotte sempre in sistemi senza suolo, hanno dimostrato che è possibile osservare fenomeni di naturale repressività nei confronti di microrganismi patogeni generati semplicemente dalla microflora residente in detti sistemi. 
Schema di funzionamento di un sistema senza suolo a ciclo chiuso
Molti studi hanno indicato che la filtrazione lenta su sabbia è in grado di ridurre fortemente i microrganismi patogeni senza eliminare o distruggere la microflora residente nei sistemi senza suolo stessi: tale vantaggio è legato al fatto che tale sistema di disinfezione è un metodo "passivo" e, soprattutto, dotato di efficacia biocida solo parziale.
La capacità di detti sistemi di limitare la diffusione di organismi potenzialmente anche molto dannosi è, comunque, legata al livello di investimento che la coltura è in grado di sostenere. Nel caso di coltivazioni orticole, tra cui il pomodoro, è necessario disporre di sistemi in grado di trattare volumi di soluzione nutritiva variabili in funzione delle differenti condizioni ambientali da 1 m3 (Nord Europa) a 3 m3 (Paesi mediterranei) al giorno per 1.000 m2 di superficie messa a coltura. Il principio su cui si basa questo sistema prevede la filtrazione lenta (100-300 L m-2 h-1) della soluzione nutritiva per sola forza di gravità a partire da uno strato di soluzione costantemente presente sopra uno strato di sabbia fine avente granulometria di 0-2 mm. I filtri a sabbia possono essere costruiti impiegando contenitori adatti allo stoccaggio di acqua (per esempio una superficie disponibile di 15 m2 permette di filtrare da 1,5 a 4,5 m3/h).
L'applicazione del calore, pur fornendo elevatissime garanzie dal punto di vista fitosanitario, necessita di elevati investimenti; l'irraggiamento con UV, invece, necessita di più limitati investimenti garantendo, comunque, un rischio fitosanitario basso (la soluzione nutritiva però non deve presentare particelle in sospensione ne' colorazione che contrastano l'azione dei raggi UV); l'impiego della filtrazione lenta su sabbia, da ultimo, pur garantendo un rischio fitosanitario limitato (eliminazione del 90-99% di funghi appartenenti al genere Fusarium, virus e nematodi) e, comunque, accettabile, richiede l'impegno solo di limitate risorse economiche. Proprio la filtrazione lenta su sabbia, soprattutto per le coltivazione svolte nei paesi mediterranei, costituisce, quindi, un'efficiente soluzione in grado di permettere l'adozione di sistemi senza suolo a ciclo chiuso.
Possono essere usati anche metodi chimici come l'ozono o altri meno diffusi quali acido perossiacetico, silicati di potassio, ecc. Infine si possono utilizzare metodi biologici impiegando antagonisti: ad esempio, alcune razze di Pseudomonas ssp. fluorescens (C7) associate a razze non patogene di Fusarium oxysporum (Fo 47) sono utili contro le malattie dei Fusarium.
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